圣芳济书院是位于香港九龙大角咀的男子天主教英文中学，由圣母小昆仲会修士于1955年创立。它是新中国成立后一所由上海迁移至香港的学校，与荃湾圣芳济中学为兄弟学校。
圣芳济书院为一所全日制男子文法津贴中学。1891年，圣母昆仲会修士来华，并于1893年获邀到上海圣芳济书院教学。其后，他们于1950年来港，在圣马丁书院执教鞭，从此踏上教育青少年的道路。1955年12月9日，全体师生迁往本校现址上课。为突显与上海圣芳济书院的联系，本校正式命名为圣芳济书院。
本校自1955年成立以来一直採用英语为教学语言。
本校校风淳朴，师生相处融洽。为了让学生学会自立，本校採多劝勉、少惩罚的教学模式，希望每位学生能发现自己的缺点，自我反省并作出改善。而我们的最终目标，是培养学生的自律精神，使他们明白自我提醒、自我监管和自我尊重的重要。